एलोपैथी औषधि (विषम चिकित्सा) रोगके प्रबन्धनपर केन्द्रित होती है, जबकि आयुर्वेद रोगकी रोकथामपर और यदि रोग उत्पन्न हुआ तो कैसे उसके मूल कारणको उच्चाटन किया जाए, उसका ज्ञान प्रदान करता है । इसप्रकार ऐसा कहा जा सकता है कि एलोपैथी मात्र सतही स्तरपर कार्य करता है और आयुर्वेद स्थूल और सूक्ष्म दोनों ही स्तरोंपर कार्य करता है; अतः यह अधिक प्रभावशाली होता है ।
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